嘉南藥理大學於1990年設立「工業衛生實驗室」。並成為勞委會6大核心實驗室協助勞委會開發作業環境測定分析方法。1994年，經勞委會認證，更名為「職業衛生實驗室」，並於1998年，通過全國認證基金會TAF認證，成為國內合格工業安全衛生認證機構。
本校食品系因應產業界食品檢測之需求，亦成立「有機與保健食品檢驗實室｣，除了協助業者進行食品相關檢驗之外，亦協助業者進行食品自主管理相關系統建立。為了強化分析檢測能量，2013年整合學校相關檢驗室，重點成立「嘉南藥理大學分析檢測中心」，並定位為本校一級研究服務單位，積極整合並擴大分析檢測服務平臺，並朝申請檢測實驗室認證運作發展方向規劃。學校逐年編列經費預算採購精密先進儀器，包括液相串聯質譜儀(LC/MS/MS)、氣相串聯質譜儀(GC/MS/MS)、氣相質譜儀(GC//MS) 及感應耦合電漿質譜儀(ICP-MS)等設備，以期建立一間具公信力的<分析檢測中心>，提供產業界完整而全面的服務，協助政府一同為食品安全把關，並突顯本校技職大學教育特色。
「嘉南藥理大學分析檢測中心」是由三個檢驗實驗室組成，分別是擁有雙認證{勞委會認證及全國認證基金會(TAF)認證}實驗室-「職業衛生實驗室(OH Lab.)」及通過衛生福利部TFDA認證的「有機與保健食品檢驗實室(OHC Lab.｣ 與「食品藥物暨化粧品實驗室(FD&C Lab.)」。分析檢測中心實驗室之設置精神遵照ISO17025實驗室品質系統基本規範，管理系統獨立，以達到行事公信力、工作高效率及數據高品質為目標，秉持「崇真務實」、「誠信負責」的態度服務產業與社會，闡揚嘉南藥理大學校訓『真實』。
嘉南藥理大學長期深耕藥學、食品、營養保健、化粧品、醫藥化學及及職業安全及環工等領域，在整合校內具有分析檢測專長的教師與業界師資專業博碩士人才，持續接受內部訓練與考核以維持檢測能力及品質之準確與穩定性，並且不定時依據專長及檢驗室發展業務需求安排外部訓練，因而累積了豐富之專業實務經驗。分析檢測中心之組織劃分依據成員之專業能力分工合作，以提供技術諮詢、產品品質監測及各類食品、藥物及化粧品和環境作業安全檢驗分析等服務。
行政院衛生福利部重點施政目標之一即為: 強化食品藥物管理，保障民眾健康，其重點工作內容包括: (一)組織再造，成立食品藥物管理署，加強進口食品及國內食品管理，落實源頭管理，重新建立輸入食品報驗查驗資訊管理系統及加工食品之追溯系統，落實源頭管理，整合食品安全資訊，促進資訊透明化。(二)持續推廣民間實驗室認可，聯合中央、地方及民間實驗室資源，建構實驗室監測網，符合國際標準組織認證規範，提升檢驗能量及時效，因應緊急動員檢驗之需。(三)建構國際接軌之藥物法規及審查環境，檢討修訂我國藥政法規、簡化審查流程，並推動與各國之相互認證及技術合作。由於國內近年來食品安全衛生事件層出不窮，如「毒水餃」、「毒米菓」及「三聚氰胺毒奶事件」、「毒米酒」、「毒銨粉」、「油炸油事件」及「塑化劑事件」等之相繼爆發，已經重創全世界的食品安全與消費者之信心，對任何相關產品，甚至原物料，都要求「要安全、要檢驗」、並要求公信力之認證檢驗機構，因此建立具公信力認證單位成為當務之急，造成產業，社會及國人莫大衝擊，故積極培養具食品、藥品、粧品安全衛生及檢測等專門技術人才，實乃當務之急。
由於學校長期致力培育藥理和食品衛生及安全檢測和管理產業人才，成效卓越，107年獲教育部補助4000餘萬元，並自籌1500萬元，總計斥資約6000多萬元，打造全國唯一設於大學校園、媲美國家級的分析檢測產業菁英培育基地，由本中心「食品藥物暨化粧品實驗室(FD&C Lab.)」與「有機與保健食品檢驗實室(OHC Lab.｣，共同執行成立「分析檢測人才培育暨區域技術聯盟基地」，期望成為南部區域的技術聯盟中心，為「食安、藥安、粧安」的「三安」，培育更多分析檢測人才，滿足產業需求。
在「食安、藥安、粧安」等意識日益抬頭及工商企業界之社會責任加重，且配合學校組織行政調整，本中心於2019年正式更名爲「嘉藥食藥粧分析檢測中心」，對檢測工作之品保品管要求更日臻嚴謹，務求各檢驗分析工作達成數據品質目標要求，以提供顧客專業檢測數據，成就顧客提供優質服務，持續改進謀求創新，用心經營以追求永續發展。秉持「崇真務實」、「誠信負責」的態度服務產業與社會，闡揚嘉南藥理大學校訓『真實』，為促進與提昇在地產業發展及民生消費信心和福祉！提供有效率及值得信賴的服務！